Laureaci konkursów
Laureaci Konkursu Na Najlepszą Pracę Doktorską z Bioinformatyki
-
2024: XV Edycja
Nagroda główna
Krzysztof Koras "Computational Methods for Anti-Cancer Drug Sensitivity Prediction" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego, promotor: Ewa Szczurek).
Wyróżnienie
Kaja Gutowska "Podejścia systemowe do modelowania i analizy wybranych procesów związanych z powstawaniem i rozwojem miażdżycy" (Wydział Informatyki i Telekomunikacji, Politechnika Poznańska, promotor: Piotr Formanowicz)
Jarosław Synak "Modelowanie i symulowanie systemów wieloagentowych opisujących procesy w hipotezie Świata RNA" (Wydział Informatyki i Telekomunikacji, Politechnika Poznańska, promotor: Jacek Błażewicz)
-
2023: XIV Edycja
Nagroda główna
Mateusz Rzycki "Antimicrobial effect - decomposition of biological phenomena into physical approach - a theoretical model" (Wydział Podstawowych Problemów Techniki Politechniki Wrocławskiej; promotorzy: Marta Gładysiewicz-Kudrawiec, Sebastian Kraszewski)
-
2021: XII Edycja
Nagroda główna
Marek Kokot "Wyznaczanie zbiorów podsłów sekwencji nukleotydowych w danych z sekwencjonowania genomów" (Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej; promotor: Sebastian Deorowicz)
Wyróżnienie
Tomasza Jetka "Quantitative Methods to Describe Information Flow in Biochemical Signalling Pathways" (Instytut Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej PAN w Warszawie; promotorzy: Janusz Szczepański, Michał Komorowski)
-
2020: XI Edycja
Nagroda główna
Aleksandra Jarmolińska "Algorithms and Models for Protein Structure Analysis" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotorzy: Anna Gambin, Joanna Sułkowska)
Wyróżnienia
Aleksandra Badaczewska-Dawid "Modelowanie struktury i dynamiki białek z użyciem modeli gruboziarnistych o różnej skali rozdzielczości" (Wydział Chemii Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Dominik Gront)
Anna Papież "Integrative Data Analysis Methods in Multi-omics Molecular Biology Studies for Disease of Affluence Biomarker Research" (Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej; promotor: Joanna Polańska)
-
2019: X Edycja
Nagroda główna
Mateusz Łącki "Computational and Statistical Methods for Mass Spectrometry Data Analysis" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Anna Gambin, promotor pomocniczy: Błażej Miasojedow)
Wyróżnienia
Piotr Klukowski "Machine learning approaches for protein structure elucidation with NMR spectroscopy" (Wydział Informatyki i Zarządzania Politechniki Wrocławskiej; promotor: Jerzy Świątek, promotor pom: Adam Gonczarek)
Jarosław Paszek "Inferring genomic duplication events" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu, Warszawskiego; promotor: Paweł Górecki)
Natalia Szóstak "Bioinformatyczne metody modelowania i weryfikacji hipotezy Świata RNA" (Wydział Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotor: Jacek Błażewicz, promotor pom: Szymon Wąsik)
-
2018: IX Edycja
Wojciech Rosikiewicz „Identyfikacja i analiza ekspresji nakładających się genów u człowieka i myszy” (Wydział Chemii Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Izabela Makałowska)
-
2017: VIII Edycja
Maciej Błaszczyk "Metody teoretyczne przewidywania struktury białek oraz ich kompleksów z peptydami" (Wydział Chemii Uniwersytetu Warszawskiego; promotorzy: Andrzej Koliński i Sebastian Kmiecik)
-
2016: VII Edycja
Agnieszka Danek "Algorithms for analysis of genomic data in compressed domain" (Wydział Automatyki, Elektroniki I Informatyki Politechniki Śląskiej; promotor: Sebastian Deorowicz)
-
2015: VI Edycja
Joanna Ciomborowska "Funkcjonalne retrogeny w genomie człowieka" (Wydział Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu; promotor: Izabela Makałowska)
-
2014: V Edycja
Anna Philips "Nowe metody bioinformatyczne służące do przewidywania miejsc wiązania jonów metali i niskocząsteczkowych ligandów w strukturach RNA" (Wydział Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu; promotor: Janusz M. Bujnicki)
-
2013: IV Edycja
Julia Romanowska "Comparing physical properties of aminoglycoside antibiotics' binding sites in RNA and proteins" (Uniwersytet Warszawski; promotor: Joanna Trylska)
-
2012: III Edycja
Bogusław Kluge "Computational methods and stochastic models in proteomics" (Uniwersytet Warszawski; promotor: Anna Gambin)
-
2011: II Edycja
Agnieszka Rybarczyk "Algorytmiczne aspekty procesu degradacji RNA" (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotorzy: Jacek Błażewicz i Marek Figlerowicz)
-
2010: I Edycja
Jan Kosiński "Dissecting molecular basis of dysfunction of protein complexes involved in DNA mismatch repair by characterization of their structure and mutual interactions, and their mechanism of action" (Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie; promotor: Janusz M. Bujnicki)
Laureaci Konkursu Na Najlepszą Pracę Magisterską z Bioinformatyki
-
2024: XVI Edycja
Nagroda główna
Natalia Rutecka "Robinson-Foulds distance between phylogenetic networks and gene trees" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego, promotor: Paweł Górecki)
Wyróżnienie
Adam Cicherski "Algorytm konstrukcji grafu wariantów z kolorowanego grafu de Bruijna" Wydział Matematyki Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego, promotor: Norbert Dojer)
Aleksandra Cupriak "Przewidywanie tworzenia pętli chromatynowych na podstawie danych genomicznych" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, Uniwersytet Warszawski, promotor: Aleksander Jankowski)
Maciej Dzikowski "Creation and evaluation of an amino acid substitution matrix for low complexity fragments of proteins combined with the improvement of a method to compare these fragments" (Wydział Matematyki Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego, promotorzy: Marcin Grynberg, Stanisław Dunin-Horkawicz)
Julia Rymuza "Określenie profilu ekspresji genów w guzach somatotropowych przysadki i identyfikacja podtypów molekularnych tych nowotworów" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, Uniwersytet Warszawski, promotorzy: Mateusz Bujko, Monika J. Piotrowska)
-
2023: XV Edycja
Nagroda główna
Adriana Bukała "PeptiTox - a multilabel graph neural network for toxicity prediction" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, Uniwerstytet Warszawski, promotor: Anna Gambin)
Wyróżnienie
Dominik Witczak "Optymalizacja narzędzia do wykrywania wariantów strukturalnych GrassSV" (Wydział Informatyki i Telekomunikacji, Politechnika Poznańska, promotor: Aleksandra Świercz)
-
2022: XIV Edycja
Nagroda główna
Natalia Szulc "RNA-ligands interaction profiles as machine learning descriptors" (Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego; promotorzy: Piotr Bała, Filip Stefaniak)
Wyróżnienie
Seweryn Kalisz "Rib detection in X-ray images" (Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki, Politechnika Śląska w Gliwicach, promotor: Michał Marczyk)
Marlena Osipowicz "Identication of chromatin regions active in human brain using neural networks" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Bartosz Wilczyński)
-
2021: XIII Edycja
Nagroda główna
Jacek Kaczor "RNAloops: baza struktur wieloramiennych pętli RNA" (Wydział Informatyki i Telekomunikacji Politechniki Poznańskiej; promotor: Maciej Antczak)
Wyróżnienie
Agata Gruszczyńska "Porównanie metod multiuliniowienia całych genomów" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Norbert Dojer)
-
2020: XII Edycja
Nagroda główna
Paulina Dziadkiewicz "Analiza uliniowień wielu sekwencji genetycznych" (Wydział Matematyki i Nauk Informacyjnych Politechniki Warszawskiej; promotor: Norbert Dojer)
Wyróżnienia
Bartosz Czech "Patterns of DNA variation between the autosomes, the X chromosome and the Y chromosome in Bos taurus genome" (Wydział Biologii i Hodowli Zwierząt Uniwersytetu Przyrodniczego we Wrocławiu; promotorzy: Bernt Guldbrandtsen Joanna Szyda)
Aleksandra Suwalska "Automated detection of cerebral microbleeds on MR images" (Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej; promotor: Joanna Polańska)
-
2019: XI Edycja
Nagroda główna
Katarzyna Kędzierska "Differential mutation analysis across gene sets in cancers (Wydział Chemii Politechniki Warszawskiej; promotor: Aakrosh Ratan)
Wyróżnienia
Dawid Dąbkowski "Minimizing the deep coalescence cost" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Paweł Górecki)
Michał Karlicki "Genomy organellarne mikroorganizmów eukariotycznych w danych metagenomowych" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Anna Karnkowska)
Hanna Kranas "Metoda wykrywania kontaktów dalekiego zasięgu między fragmentami chromatyny" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Bartosz Wilczyński)
-
2018: X Edycja
Nagroda główna
Michał Ciach "Modelowanie reakcji dysocjacji białek w spektrometrii masowej" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Anna Gambin)
Wyróżnienia
Jagoda Jabłońska "Sekwencyjno-strukturalno-funkcjonalna analiza białek należących do nadrodziny His-Me finger" (Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Krzysztof Ginalski)
Grzegorz Skoraczyński "A challenge of automatic classification of organic reactions yield and duration" (Wydział Matematyki, , Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Anna Gambin)
-
2017: IX Edycja
Nagroda główna
Melania Nowicka "Optymalizacja użycia par kodonów w projektowaniu syntetycznych otwartych ramek odczytu" (Wydział Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotor: Marcin Radom)
Wyróżnienia
Anita Dudek "Dokładność metody Poissona-Boltzmanna w obliczeniach energii swobodnej hydratacji białek" (Wydział Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Piotr Setny)
Piotr Żurkowski "DNA de novo assembly algorithm with repetition sensitive graph traversal" (Wydział Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotor: Aleksandra Świercz)
-
2016: VIII Edycja
Nagroda główna
Agata Perlińska "Określenie wpływu nietrywialnej topologii na biologiczne funkcje białek na podstawie analizy białek analogicznych" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Joanna Sułkowska)
Wyróżnienia
Jakub Bartoszewicz "Optymalizacja nakładek oligonukleotydowych w klonowaniu metodą CPEC i obliczeniach molekularnych" (Wydział Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotor: Piotr Formanowicz)
Jakub Nogły "Reconstructing evolutionary history of transposable elements" (Wydział Matematyki Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Anna Gambin)
-
2015: VII Edycja
Nagroda główna
Jakub Rydzewski "Nowe algorytmy modelowania procesu dysocjacji liganda z receptor" (Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu; promotor: Wiesław Nowak)
Wyróżnienia
Julia Herman-Iżycka "Rozpoznawanie sekwencji regulatorowych w genomach ssaków" (Uniwersytet Warszawski; promotor: Bartosz Wilczyński)
Anita Sokołowska "Analiza skupień miejsc kontaktowych białek ze względu na klasę i topologię białka" (Politechnika Wrocławska; promotor: Małgorzata Kotulska)
-
2014: VI Edycja
Nagroda główna
Anna Górska "Inhibition of bacterial translation by peptide nucleic acid oligomers targeting the ribosomal RNA" (Uniwersytet Warszawski; promotor: Joanna Trylska)
Wyróżnienia
Joanna Giemza "Predykcja funkcjonalnych elementów DNA na podstawie modyfikacji histonów" (Uniwersytet Warszawski; promotor: Bartosz Wilczyński)
Witold Januszewski "MetaMisTher: a machine learning meta-predictor for the influence of missense mutations on thermodynamical protein stability" (Politechnika Warszawska; promotor: Tymon Rubel)
-
2013: V Edycja
Nagroda główna
Błażej Osiński "Przewidywanie miejsc cis-regulatorowych z wykorzystaniem sygnałów epigenetycznych" (Uniwersytet Warszawski; promotor pracy: Jerzy Tiuryn)
Wyróżnienia
Wojciech Rosikiewicz "Analiza sekwencji TSS genów nakładających się na końcach 5' w genomach myszy i człowieka" (Wydział Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu; promotor: Izabela Makałowska)
Marek Szewczyk "Wysoko-przepustowa statystyczna analiza parametrów struktur białkowych" (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotor: Jacek Błażewicz)
-
2012: IV Edycja
Nagroda główna
Jerzy Stanisławski "Maszynowe metody predykcji struktur amyloidowych w białkach" (Wydział Elektroniki Politechniki Wrocławskiej; promotor: Olgierd Unold)
Wyróżnienia
Maciej Jasiński "Właściwości strukturalne peptydowych kwasów nukleinowych w roztworze i ich oddziaływania z kwasami rybonukleinowymi" (Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu; promotorzy: Wiesław Nowak i Maciej Długosz)
Tomasz Żok "Molecular structure comparison in torsional angle space" (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotor: Marta Szachniuk)
-
2011: III Edycja
Nagroda główna
Wojciech Frohmberg i Michał Kierzynka "Development of sequence alignment methods on Graphics Processing Unit" (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotor: Jacek Błażewicz)
Wyróżnienia
Patryk Szulczyk "Porównanie regionów niskiej złożoności w białkach za pomocą ukrytych modeli Markowa" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Anna Gambin)
Michał Lula "Rozproszone środowisko dla biologii systemów" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Anna Gambin)
-
2010: II Edycja
Nagroda główna
Wojciech Mruczkiewicz "Hyper-heuristics for Sequencing by Hybridization Problem" (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotor: Jacek Błażewicz)
Wyróżnienia
Paweł Łukasz "Opracowanie programu komputerowego do odtwarzania pełnoatomowej struktury przestrzennej RNA z uproszczonych modeli, z użyciem próbkowania Monte Carlo" (Wydział Biologii Uniwersytetu Warszawskiego; promotorzy: E. Katarzyna Jagusztyn-Krynicka i Janusz M. Bujnicki)
Andrzej Zieleziński "Identyfikacja i analiza porównawcza molekularnej platformy wiążącej białka z rodziny ARGONAUTE w białkach zawierających domenę RRM u roślin" (Wydział Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu; promotor: Wojciech Karłowski)
-
2009: I Edycja
Nagroda główna
Katarzyna H. Kamińska "Analiza bioinformatyczna enzymów z nadrodziny Radical SAM" (Wydział Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu; promotor: Janusz M. Bujnicki)
Wyróżnienia
Marek Błażewicz "Wyszukiwarka fragmentów RNA - projekt i implementacja" (Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej; promotor: Marta Szachniuk)
Tomasz Osiński "Klasyfikacja struktur trzeciorzędowych RNA z wykorzystaniem metod nauczania maszynowego" (Wydział Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu; promotor: Janusz M. Bujnicki)
Laureaci Konkursu Na Najlepszą Pracę Licencjacką lub Inżynierską z Bioinformatyki
-
2024: III Edycja
Nagroda główna
Kamila Szumała "Ocena efektywność macierzy aktywacji ścieżek sygnałowych z wykorzystaniem nienadzorowanych technik uczenia maszynowego w danych scRNA-seq" (Wydział Automatyki, Elektroniki i Informatyki; Katedra Inżynierii i Analizy Eksploracyjnej Danych; Politechnika Śląska, promotor: Joanna Żyła)
Bartosz Adamczyk, Maciej Biliński, Mikołaj Bartkowiak, Szymon Stanisławski "Quality assesment of 3D RNA structures using graph neural networks" (Wydział Informatyki i Telekomunikacji; Instytut Informatyki; Politechnika Poznańska, promotor: Maciej Antczak)
-
2023: II Edycja
Nagroda główna
Gabriel Wachowski, Kamil Niżnik, Paweł Śnioszek, Mikołaj Żurawski " RNApdbee 3.0: Webserwer do analizy struktur 3D RNA" (Wydział Informatyki i Telekomunikacji, Politechnika Poznańska, promotor: Tomasz Żok)
Wyróżnienia
Anna Mrukwa "Deep neural autoencoder tool and unsupervised learning for scRNA-Seq data exploration" (Politechnika Śląska, promotor: Joanna Żyła)
Radosław Jurczak "Metody uczenia maszynowego w zagadnieniu klasyfikacji peptydów przeciwdrobnoustrojowych" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, Uniwersytet Warszawski, promotor: Ewa Szczurek)
-
2022: I Edycja
Nagroda główna
Hanna Porada "Projekt i implementacja grafowej bazy wiedzy o interakcjach krzyżowych między amyloidami" (Politechnika Wrocławska, Wydział Podstawowych Problemów Techniki, Katedra Inżynierii Biomedycznej; promotor: Witold Dyrka)
Wyróżnienia
Mateusz Guźniczak „Cyfrowe przetwarzanie i analiza tomogramów uzyskanych metodą mikroskopii holograficznej pojedynczej żywej komórki” (Wydział Podstawowych Problemów Techniki, Katedra Inżynierii Biomedycznej, Politechnika Wrocławska; promotor: Agnieszka Ulatowska-Jarża)
Natalia Rutecka "Symulowanie sieci filogenetycznych" (Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki Uniwersytetu Warszawskiego; promotor: Paweł Górecki)